Atualmente, a EMAE é detentora e operadora de um sistema hidráulico e gerador de energia elétrica, localizado na Região Metropolitana de São Paulo, Baixada Santista e Médio Tietê. Esse sistema é constituído de reservatórios, canais, usinas e estruturas associadas, cuja principal característica é a de exigir uma operação voltada para o aproveitamento racional das águas superficiais e a busca pelo aproveitamento múltiplo dos recursos hídricos disponíveis, integrando, dessa forma, a geração de energia, o controle de cheias e o fornecimento de água bruta para o abastecimento público.
Com o objetivo de ampliar o parque gerador da empresa, a partir de estudos para avaliar o potencial energético remanescente no rio Tietê, foi identificada a possibilidade de construção de uma Pequena Central Hidroelétrica – PCH junto a Barragem de Pirapora, já pertencente a EMAE. Para tanto, foi constituída, em 22 de dezembro de 2010, a Sociedade de Propósito Específico Pirapora Energia S.A., subsidiária integral da EMAE, para administrar, construir, planejar, operar, manter e comercializar a energia produzida pela PCH Pirapora, que entrou em operação no início de 2015.